La Tua domanda passa in rassegna parecchi concetti di vuoto. Il vuoto secondo la fisica classica è una metafora per descrivere l'assenza di aria e di pressione. Si parla di campana sotto vuoto, durante alcuni esperimenti, ma in realtà è scorretto perchè come tu dici giustamente anche il vuoto privo di aria contiene pur sempre atomi e molecole.
Quindi il vuoto assoluto non esiste. Solo che la fisica classica non poteva ancora saperlo quando fu coniato questo concetto di vuoto, poichè la meccanica quantistica doveva ancora essere accettata.
La domanda è molto complessa perchè si potrebbe prendere spunto per dire quanto il concetto stesso di Big Bang sia fuorviato dai più, ovvero da tutti coloro che non lo conoscono.
Parlano di atomo primordiale e di esplosione, ma in realtà, si trattò di un gigantesco processo energetico, scaturito dalle fluttuazioni quantistiche del vuoto.
Il vuoto preso microscopicamente non è affatto vuoto perchè è un ribollire continuo di particelle-antiparticelle, dalla vita brevissima, che si annichiliscono spontaneamente emettendo energia.
Proprio questo è stato il BB.
Quindi possiamo dire che il vuoto è solo un concetto per chi guarda il mondo con occhi macroscopici. Nel microscopico non è affatto vuoto.
I fisici, quando parlano di vuoto quantistico, fanno una metafora ai loro studenti, per far capire i termini della questione. E dicono pressappoco questo: Se immaginate di volare su un aereo ad alta quota, sul mare, e guardate giù dal finestrino, noterete una distesa piatta, blu, informe, senza onde.
Quello è il vuoto macroscopico, così come fu concepito dalla fisica classica.
Ma se l'aereo scende di quota fino a lambire il mare, allora noterete un ribollire di onde, e i movimenti caotici della sua superficie. Quello è il vuoto microscopico, che non è affatto vuoto.
Ecco perchè suona tanto strano, per i più, capire il Big Bang. Chi non mette a fuoco il concetto di vuoto quantistico non può capirlo, perchè non può capire che la materia è scaturita dal vuoto macroscopico, cioè da quello che sembra vuoto, ma che in realtà non lo è affatto.
Ecco perchè i più invocano Dio come entità Creatrice dell'Universo: perchè non riescono a spiegarsi come la materia sia potuta nascere dal nulla, cioè non sanno che il vuoto assoluto in realtà NON esiste.